En 1992, une définition de la biodiversité est retenue lors de la Convention sur la diversité biologique à Rio de Janeiro : « Variabilité des organismes vivants de toute origine, y compris, entre autres, les écosystèmes terrestres, marins et autres écosystèmes aquatiques et les complexes écologiques dont ils font partie ; cela comprend la diversité au sein des espèces, et entre les espèces, ainsi que celle des écosystèmes. »

La Méditerranée est l’un des 34 hotspots de biodiversité de la planète établis par l’organisation non gouvernementale Conservation International (CI). Bien qu’elle ne représente que 0,82 % de la surface des océans, cette mer constitue un réservoir majeur de biodiversité marine et côtière : 28 % des peuplements sont constitués d’espèces endémiques ; on y recense 8 500 organismes macroscopiques, soit 7,5 % de la faune et 18 % de la flore marine mondiale.
Mais comme ailleurs, les activités humaines ont un fort impact sur la biodiversité, et elle doit faire face à de multiples menaces : raréfaction des habitats, pollutions et modifications des caractéristiques physico-chimiques de l’eau, pression sur les stocks halieutiques, changements climatiques, arrivée d’espèces invasives…

La disparition d’espèces végétales ou animales entraînerait la perte irréversible d’une richesse génétique, d’éventuelles ressources alimentaires et d’un potentiel, encore méconnu, de substances d’intérêt médical et industriel.
Aujourd’hui, les outils se diversifient pour préserver la biodiversité : espaces protégés, législation pour un certain nombre d’espèces qui bénéficient de statuts particuliers (Posidonies, grande nacre, mérou brun…), loi littorale, assainissement des eaux et programmes de restauration des petits fonds côtiers. Gardons néanmoins à l’esprit que la biodiversité n’est pas figée et peut évoluer – comme en témoigne par exemple l’apparition de nouvelles espèces dans le bassin méditerranéen occidental à la faveur du réchauffement des eaux -, sans forcément déséquilibrer les écosystèmes en place.